Станислав Крапухин родился 28 марта 1998 года в Санкт-Петербурге. До 2011 года воспитывался в ДЮСШ «Коломяги», затем перешёл в Академию футбольного клуба «Зенит». Выступал за юношеские и молодёжные команды «Зенита» в юношеской лиге УЕФА и Молодёжном первенстве команд Премьер-лиги. Провёл 19 матчей в ФНЛ в составе «Зенита-2», в 2018 году подписал контракт с томской «Томью».
В минувшем сезоне завоевал в составе «Томи» бронзовые медали ОЛИМП-ФНЛ – сыграл 10 матчей. Принял участие в стыковом матче за выход в Премьер-лигу против футбольного клуба «Уфа».