Илья Трунин родился 25 мая 1992 года в Ижевске. С 15-летнего возраста играл в юношеских и молодёжных командах футбольного клуба «Сибирь». В сезоне-2011/2012 дебютировал за основной состав новосибирского клуба. Вызывался в молодёжную сборную России, принимал участие в отборочных матчах Чемпионата Европы.
После ухода из «Сибири» выступал за воронежский «Факел» в ФНЛ и нижнекамский «Нефтехимик» в ПФЛ. В составе нижнекамского клуба в сезоне-2018/2019 выиграл группу «Урал-Приволжье».